Такер, Брант Энглестайн и Роксана Паредес стали сценаристами сериала
[35]. Файги рассказал, что с точки зрения количества персонажей или влияния на глобальные события сериал не будет в полной мере соответствовать масштабу сюжетной линии комикса. Файги отметил, что в комиксе было больше персонажей, чем в самом крупном фильме студии «
Мстители: Финал» (2019)
[47]. Вместо этого, «Секретное вторжение» станет сценой для Джексона и Мендельсона, которая исследует элементы политической паранойи в первоисточнике с великолепными сюжетными поворотами
[43][47]. Съёмочная группа вдохновлялась романами о шпионаже времён
Холодной войны Джона ле Карре, а также телесериалами «
Родина» (2011—2020) и «
Американцы» (2013—2018)
[2] и фильмом «
Третий человек» (1949). Селим отметил временные переходы между шпионским нуаром и
вестерном в сериале, назвав источниками вдохновения фильм «
Искатели» (1956) и прочие вестерны
[11]. По словам Файги, сериал продолжит сюжет «Капитана Марвел», как и его продолжение, фильм «
Капитан Марвел 2» (2023), но при этом будет отличаться от него по тону
[48], а его действие будет происходить в КВМ наших дней
[3]. Джексон отметил, что сериал раскроет некоторые события, произошедшие между 2018 и 2023 годами внутри КВМ, во время
Скачка[6].
Коби Смолдерс описала сериал как «очень приземлённую драму», которая «сталкивается с реальными и человеческими проблемами, а также с доверием»
